El sector salud cerró el sexenio peñista con irregularidades por 5 mil 761 millones de pesos. En la Cuenta Pública 2018, la Auditoría Superior de la Federación (ASF) detectó anomalías en Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias (INER), ISSSTE e IMSS por salida irregular de medicinas, incumplimiento en la distribución de monederos electrónicos, sobrecosto en obras y opacidad en contrataciones.
ISSSTE pagó 420 millones de pesos a una empresa por monederos electrónicos cuya totalidad nunca recibió, ni acreditó su entrega a los derechohabientes y además desembolsó 9.4 millones para atender quejas por problemas con los saldos de sus monederos y aunque estuvo al tanto de esta irregularidad, no gestionó la recuperación del monto.
En INER hubo pérdidas por 1.8 millones de pesos en la salida de farmacia de sulfato de morfina y citrato de fentanilo, utilizados en cuidados paliativos. La ASF detectó que se tramitaron recetas alteradas para sacar estos derivados de opioides. INER tampoco aseguró la mejor condición de precio en la adecuación de un almacén, farmacia y mantenimiento operativo, y el reforzamiento de una barda perimetral. IMSS no pudo explicar 4 mil 23 millones de pesos en contrataciones al no tener un sistema que integre el registro y control de los pedidos de bienes.
De acuerdo con el reporte de fiscalización de la Cuenta Pública 2018 entregado a la Cámara de Diputados, ISSSTE usó recursos de ejercicios fiscales 2018 y 2019 para el pago de gastos en 2017 y 2018. En relación con la entrega de vales de despensa del ejercicio 2017, pagados con recursos de 2018, se encontró que en el instituto se hicieron pagos por 420 millones de pesos a Operadora y Administradora de Vales, Despensas y Servicios por monederos electrónicos sin haber recibido la totalidad de los monederos. Además, no supervisó el cumplimiento al contrato con la empresa, por mil 80 millones de pesos y no acreditó que los monederos se entregasen conforme cantidad establecida a los derechohabientes. Aunque tuvo conocimiento de la falta de entrega de monederos electrónicos por Corporativo Crecimiento Orbi (Orbi) por 214 millones de pesos, no llevó a cabo gestiones para recuperar el monto.
En el Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorios se detectaron pérdidas por 1.8 millones de pesos en la salida de la farmacia de sulfato de morfina y citrato de fentanilo, utilizadas para cuidados paliativos. En total fueron emitidas por sulfato de morfina 121 prescripciones y fueron alteradas a 205; por citrato de fentanilo se dieron 1,611 recetas y se alteraron mil 871. En obra pública, el INER, no aseguró las mejores condiciones de precio y oportunidad al realizar dos obras, adecuación del área de almacén de víveres, farmacia y mantenimiento operativo, por 10.6 millones de pesos, más cara, cuando tenía una oferta por 8.2 millones. La segunda, el reforzamiento y adecuación de barda perimetral a la cual se asignó al contratista 2.1 millones de pesos, 1.1 millón más que otra propuesta.