La palabra proviene del náhuatl compuesta con dos términos, chilaquilli, chili que es chile y aquilli que es algo metido en. Por lo que la palabra hace referencia a algo que está sumergido/metido en chile.
El registro más antiguo que se tiene en este platillo es en 1571, cuando el Fray Alonso de Molina, llegado de españa bajo las órdenes de Hernán Cortés, comenta en sus memorias que los antiguos indígenas aprovechaban las tortillas duras del día anterior remojandolas en una salsa con bastante chile.
No se sabe cuándo comenzó exactamente esta costumbre o si tenían una presentación en especial en la época prehispánica, pero sí se sabe que son totopos de tortilla dorados en aceite, bañados en salsa y acompañados de carne.
Después, los españoles trajeron con ellos la crema y el queso, los cuales fueron agregados al platillo tiempo después. Haciendo que la primera receta de chilaquiles apareciera en 1821 en el libro “Arte nuevo de cocina y repostería acomodado al uso mexicano”.
“Se cuece carne de puerco y chorizos (pero éstos no se echan hasta que la carne esté á medio cocer,) se fríe todo y se aparta del fuego: se tiene pronto el clemole, las tortillas y el ajonjolí tostado; [Debes poner la] capa de carne y se tapa con tortillas; se le echa caldo de clemole y un puñado de ajonjolí; de este modo se hace con las demás: se les echa manteca de la regular porque las tortillas la embeben mucho”, esta es la receta en el libro.
Este platillo viene de la época prehispánica y probablemente era muy diferente a lo que es hoy en día, en especial ahora que le agregamos pollo, carne, crema, queso y a veces incluso huevo.